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现在很明显，70-80% 的 GIST 在KIT原癌基因中存在突变并诱导组成型激酶激活，激活抑制细胞凋亡的下游信号通路，并刺激细胞增殖。突变最常发生在外显子 11 的近膜结构域，通常在没有配体结合的情况下抑制激酶激活环。）。删除是最常见的变体，也可以看到插入和替换。细胞外（外显子 8、9）和激酶结构域（外显子 13、17）突变很少发生。大约 10% 的 GIST 是由PDGFRA突变驱动的，该突变也驱动配体非依赖性受体激活。PDGFRA中的突变情况与KIT相似，主要在近膜结构域、ATP 结合结构域或激酶激活环中发现突变。10-15% 的 GIST 没有KIT或PDGFRA突变，被称为野生型。其中，现已发现 7-15% 携带BRAF V600E突变，12% 在琥珀酸脱氢酶 (SDH) 呼吸链复合物中发生突变。
表格
GIST的分子分类。
| 基因 | 发病率 | 解剖位置 | 伊马替尼敏感性 |
|---|---|---|---|
| KIT突变(80%) | |||
| 外显子 9 | 7% | 小肠、结肠 | 是的，考虑 800mg/天 |
| 外显子 11 | 65% | 所有地点 | 是的 |
| 外显子 13 | 1% | 所有地点 | 多变的 |
| 外显子 17 | 1% | 所有地点 | 多变的 |
| PDGFRA突变(5–8%) | |||
| 外显子 12 | 2% | 所有地点 | 是的 |
| 外显子 14 | <1% | 胃 | 是的 |
| 外显子 18 | 7% | 胃、肠系膜、网膜 | D842V 不敏感，其他大多数敏感 |
| 重量 (12–15%) | |||
| 布拉夫 V600E | 7–15% * | 胃、小肠 | 可能 |
| SDHA、SDHB、SDHC、SDHD | 12% * | 胃、小肠 | 通常不会 |
| 家族性 GIST | |||
| 试剂盒, 很少PDGFRA | 非常稀有 | 小肠 | 通常不会 |
Hirota 于 1998 年首次发现 GIST 中的KIT突变，恰逢伊马替尼（格列卫）用于治疗导致慢性粒细胞性白血病的 BCR-ABL 激酶突变的临床应用。BCR-ABL 和 KIT 激酶之间的结构相似性促使向患有晚期 GIST 的患者施用伊马替尼，导致显着反应。这一初步突破引发了一波在 GIST 中检查伊马替尼的临床试验，从转移性疾病试验开始，然后在辅助环境中评估伊马替尼。
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